בחודשים נובמבר-דצמבר 2003 נערך סקר בחורבת שר בניהולו של י' גדות בהשתתפות בני נוער מחוגי הסיירות של החברה להגנת הטבע. תוצאות הסקר מלמדות כי אזור המגורים העיקרי היה באוכף המערבי, צמוד לערוץ קטן. ראש הגבעה ממזרח והמדרון המערבי שלה שימשו בעיקר לפעילות חקלאית. בחלקים האחרים של הגבעה נמצאו בעיקר מיתקנים חצובים שאולי שימשו את תושביהם של אתרי יישוב סמוכים כמו אום אל-עומדאן מצפון-מזרח או חורבת בית-שנה מדרום-מערב. במהלך הסקר נתגלו שרידי קירות אבן בנויים היטב, גלי סיקול גדולים ובורות מים. בקיר טרסה נמצאה בשימוש משני אבן גזית גדולה שעליה חקוקים שני צלבים, כנראה שזו הובילה את פקחי השלטון המנדטורי להסיק שהמדובר בכנסייה. שברי כלי חרס שנאספו בשטח מלמדים שהחורבה היתה מיושבת בתקופות ההלניסטית המאוחרת, הביזנטית המאוחרת, האיסלאמית הקדומה והממלוכית.

במהלך שתי עונות החפירה הראשונות 2005-2004 נתגלתה שכבת היישוב מהתקופה הממלוכית היא השכבה העליונה באתר ותחתיה שרידים קדומים מהתקופות ההלניסטית המאוחרת והביזנטית-אומיית. נראה שעיקר היישוב הממלוכי התקיים בחלקה הדרומי של החורבה ואילו בתקופה הביזנטית-אומיית, ואולי אף בתקופה ההלניסטית המאוחרת, התקיים היישוב בחלקה הצפוני של החורבה.

חורבת שר סמוכה מאוד לאתר אום אל-עומדאן, שבו היה יישוב מרכזי בתקופה ההלניסטית המאוחרת (החשמונאית) וייתכן שהיא יישוב בת של אום אל-עומדאן או שימשה עורף חקלאי שלו. הממצא הקרמי הרב מהתקופה הביזנטית-אומיית וכן אבן הגזית המעוטרת בצלבים מעידים על יישוב נוצרי שהתקיים במקום שכלל כנראה כנסייה או מנזר.