בשנים 2007-2005 נערכה חפירת הצלה מדרום מזרח לשרידי הכפר הערבי והתל הקדום של בית דגן בעקבות פגיעה בעתיקות בעת הכנת תשתיות לבניית שכונת מגורים. בסמוך לשטח החפירה מצויה באר מים הרוסה מתקופת המנדט, שככל הנראה, שימשה להשקיית הפרדס שניטע בסמוך לו. החפירה באתר הופסקה בגלל מעורבות של גורמים מוסלמיים דתיים ולא חודשה עד היום.

בחפירה נפתחו 20 ריבועים של 5*5 מ', בכולם נחשפה קרקע של חמרה קשה (2-1 מ') ומתחתיה חול צהוב. בסמוך לפני השטח נתגלו כמספר קברי פיר שנפגעו קשות ע"י כלים מכאניים בעת הכנת התשתית. חלק מהקברים פשוטים ללא כל ארכיטקטורה, וחלקם מדופנים בלבני בוץ. בקברים נתגלו שרידי עצמות אדם במצב השתמרות גרוע. למעט 2 שברי בקבוקי זכוכית ומעט שברי חרסים לא נתגלו בקברים ממצאים אחרים. השרידים הדלים שנחשפו מקשים על תיארוך הקברים.

קברים אלה כנראה שייכים לבית הקברות הגדול שנחפר על ידי אלי ינאי מטעם רשות העתיקות בשנים 2005-2004 .  בחפירה זו נחשפו שני בתי קברות: הקדום מתוארך לתקופת הברונזה הקדומה 4 והמאוחר מתוארך לתקופה הממלוכית. ייתכן גם, שבית הקברות היה שייך ליישוב בית דגן מהתקופה הרומית המאוחרת/ביזנטית לתקופה המוסלמית המאוחרת.

 בית דגן – דו"ח חפירה